甲减的治疗主要是甲状腺激素替代治疗，有的患者还需进行病因治疗。
（1）甲状腺激素替代治疗：甲减是由于机体甲状腺激素缺乏引起的，因此需用甲状腺激素替代治疗。补充甲状腺素制剂后，不仅奏效迅速，疗效显著，而且继续服用适量的甲状腺激素制剂，还有利于患者稳定病情。临床上常用的甲状腺激素制剂有甲状腺片、左甲状腺素（L-T4）（加衡®）。
（2）病因治疗：有病因可去除者应进行病因治疗。如缺碘性甲减给予补碘，高碘化物引起的甲减应停用碘化物；药物导致的甲减，减量或停用后，甲减可自行消失；锂盐治疗精神病有3%-4%发生甲减，停药可好转；下丘脑或垂体有大肿瘤，行肿瘤切除术后，甲减有可能得到不同程度的改善；亚甲炎、无痛性甲状腺炎、一过性甲减，随原发病治愈后，甲减也会消失。